En tiempos de Felipe II (1527-1598) el monarca decidió recorrer el Perú durante cinco años y publicó unas Ordenanzas generales para el gobierno. Por aquél entonces se encontraba Francisco de Toledo en el virreinato. Este, mal aconsejado, persiguió a los indígenas, llegando a apresar a uno de los líderes reveldes: Túpac Amaru. Ejecutandolo en la plaza de Cuzco.
Sin duda, el virrey llegó a pensar que la ejecución había de complacer a Felipe II. Todo lo contrario, pues llegó a disgustar profundamente al Monarca español; tanto, que llamó al virrey. Éste regresó a España y cuando Felipe II lo tuvo delante, le dijo:
-"Idos a vuestra casa, que yo no os envié al Perú para matar reyes, sino para servir a reyes".